El 16 de septiembre de 1810, Miguel Hidalgo se hizo cargo del movimiento. Después de su discurso en la Iglesia de Dolores, levantó un pequeño ejército improvisado, compuesto en gran parte por campesinos, armados con hondas, azadones y garrotes, que llevó consigo a Atotonilco, donde capturó el estandarte de Nuestra Señora de Guadalupe y en en defensa de su victoria marchó y siguió hasta San Miguel Grande, donde se unió a la Legión de los Dragones de la Reina. Camino a Guanajuato, los rebeldes se detuvieron en Celaya, donde organizaron sus tropas.
Debido a su importancia económica, los rebeldes pretendieron ocupar Guanajuato, ya que se encontraba en el centro de la zona agrícola y minera más grande del Virreinato. Para ello se pusieron en contacto con el intendente José Antonio Riano y le pidieron la entrega de la plaza, pero como éste se negó y la turba que seguía a Hidalgo notó que los vecinos de la ciudad y las tropas realistas cubrían la plaza Alhóndiga de Granadinas Para resistir el cerco, los rebeldes aprovecharon el caos para entrar a Guanajuato, y cometieron diversas atrocidades junto al contingente de rebeldes. Ante la escasez de alimentos provocada por la crisis agrícola de ese año, los rebeldes irrumpieron en Alhóndiga para Saquear de las reservas de alimentos y la posterior muerte de la mayoría de los que allí se refugiaron.
