Al mismo tipo, Hernán Cortés inició la expedición de las Hibueras (Honduras en 1524. Se le unió Pedro de Alvarado, y concretaron la conquista de Centroamérica, Hernán Cortés tuvo que retirarse de la expedición por las noticias recibidas desde la capital virreinal. Dada la ausencia del conquistador, Gonzalo de Salazar, y Pedro Almindez Chirinos tomaron el mando del gobierno, cometiendo abusos que propiciaron rebeliones de indios y españoles en todo el territorio.
La Corona española solicitó la presencia de Cortés en España Mientras se le aplicaba sura de residencia, Nueva España era gobernada por la primera Audiencia, dirigido por Nuño Beltrán de Guzmán, quien condujo la exploración a Guanajuato, Zacatecas, Jalisco, Michoacán, Nayarit, Sinaloa y Sonora.
Cuando regresa Hernán Cortés de nuevo la encomienda de organizar exploraciones hacia el litoral del Pacífico y del golfo de California, entre estas, destacaron la encabezada por Diego Hurtado de Mendoza en 1332, quien partió de Acapulco, llegó a Jalisco y tocó las islas Marías y Bahía de Banderas,
